雞糞在所有禽畜糞便中養分最高、最全面，是有機肥生產的最好原材料，也是廣大種植戶自行漚制有機肥原料的首選。如南方不少大型香蕉、柑桔基地都采用此方法。
據研究，鮮雞糞中有機質含量在25.5%左右，此外還含有作物所需的大量元素。據測定雞糞中含有氮2.38%、磷2.65%、鉀1.76%、氧化鎂0.46%。同時100公斤雞糞分別相當于3.5公斤尿素、8.2公斤過磷酸鈣、3.4公斤硫酸鉀所含有的有效成分，同時肥料見效比一般的有機肥快。深得廣大種植戶喜歡。
其實上以雞糞為原料的有機肥在國外也很普遍，但其制作成有機肥的過程需要經過6次左右發酵。而中國南方種植基地基本上只是簡單發酵。
但近幾年香蕉、柑桔基地的應用現象表明，應用雞糞也帶來了不少的副作用，導致不少農場主開始摒棄這種傳統的有機肥原料而轉向正規的有機肥，為什么呢？
經調查發現，連續使用未經充分發酵或腐熟而直接施用到柑桔、香蕉上，給大型基地帶來很大的害處：
1．傳染病蟲害。
雞糞中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播。其中雞糞中種蠅成蟲產卵有趨向未腐熟糞便的習性，施用未腐熟雞糞越多，種蠅幼蟲為害越重。幼蟲鉆入香蕉、柑桔根部，為害所造成的傷口，易于病原枯萎病微生物侵入，引起枯萎病的發生。同時有農戶反映柑桔園用雞糞后木虱特別多，黃化現象加劇。最近20年柑桔、香蕉基地線蟲與枯萎病、黃化現象等病害相互發生的趨勢越來越明顯，已成為基地生產當中揮之不去的惡夢。這也導致不少基地開始從源頭上反省雞糞這種傳統的有機肥原料。
2．發酵燒苗。
發酵不充分的雞糞施到地里后，當發酵條件具備時，雞糞便開始發酵，若發酵部位距根部較近，且作物植株較小，發酵產生的熱量會影響作物生長，嚴重時導致植株死亡。當然這種情況比較少見。
3．酸化基地土壤。
雞糞是強酸性肥料（PH值為3·6~~4·7），加上南方柑桔、香蕉果園土壤呈強酸性反應（PH值為4·2~~5·2），但是，最適合柑桔、香蕉生長的土壤PH值為6~7。因此在柑桔、香蕉等果園里施用酸性雞糞無異于“雪上加霜”，造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、黃化病，嚴重時導致柑桔、香蕉植株死亡。這種危害短時間內看不出來，只有連續種植幾年以上才會發生，所以這種危害極具隱蔽性。
4．重金屬超標。
雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，給食品安全、柑桔、香蕉產業的可持續發展埋下隱患。
5．利用不便、效率低。
隨著人力成本的快速上升，未經處理的糞便，雞糞不易運輸，體積大，發酵時間長，翻堆時氣味難聞，導致間接使用成本高。
綜合以上原因，盡快雞糞具有使用成本低，性價比高的特性，但隨著大型種植基地的覺醒，這種傳統的有機肥原料將會越來越多地被商品有機肥、有機碳肥、腐植酸有機肥料所代替。
